Die lebendige Ökumene der evangelischen Stephanusgemeinde und der katholischen Gemeinde Heilige Familie stellt die Grundlage für die Tragfähigkeit und die Umsetzung des Schulkonzeptes dar.

Die enge Zusammenarbeit der Schule mit den Kirchgemeinden vor Ort bei der Gestaltung von Projektarbeit, von einzelnen Unterrichtsabschnitten (z.B. des Religionsunterrichtes), von Festen und Elementen der Nachmittagsbetreuung wird sowohl das schulische als auch das Gemeindeleben bereichern.

Zur Zusammenarbeit mit dem Christlichen Kinderhaus Zschachwitz gehört der rege Austausch der Lehrer, Erzieher und Eltern insbesondere über die Methodik christlicher Erziehung und die Zusammenarbeit bei der Beurteilung der Schulfähigkeit der Kinder, um eine optimale vom aktuellen Leistungsstand des Kindes ausgehende Förderung bereits vom Schuleingang an zu gewährleisten. Individuelle Arbeitsergebnisse der Schulkinder können in gemeinsamen Veranstaltungen mit dem Christlichen Kinderhaus dargestellt werden.

Weiterhin strebt die Christliche Schule Dresden-Zschachwitz die enge Zusammenarbeit mit den Kindergärten der unmittelbaren Umgebung und den konfessionellen Kindereinrichtungen der Städte Dresden und Heidenau an.